Основная причина заражения — несоблюдение правил гигиены. Прежде всего — пренебрежение мытьем рук. Именно через грязные руки возбудители инфекционных болезней попадают в рот и кишечник.

Эпидемическим вспышкам ОКИ свойственна сезонность. Для бактериальных возбудителей это период с мая по сентябрь. В жаркую погоду микроорганизмы быстро обсеменяют фрукты, овощи, активно размножаются в продуктах питания. Особую опасность представляют скоропортящиеся кисломолочные, мясные продукты, плодово-ягодные напитки. В теплое время года повышается опасность водного заражения при купании в открытых водоемах — из-за сброса хозяйственных вод, а также из-за недостаточного благоустройства пляжей общественными туалетами.

Осенью, вместе с похолоданием, на смену бактериям приходят вирусы. Особую активность проявляет ротавирус, из-за которого нередко закрывают на карантин детские дошкольные учреждения.