В хронической фазе гепатита С частым осложнением является развитие цирроза печени. Появляются отёки, асцит (скопление жидкости в брюшной полости), кровотечения, ухудшается общее состояние. В конечном итоге возможен летальный исход из-за массивного кровотечения и полиорганной недостаточности.

Не менее значимое осложнение хронической фазы гепатита С — развитие гепатоцеллюлярной карциномы (опухолевое перерождение). Согласно основной гипотезе, злокачественное перерождение возникает в результате повышенного распада клеток печени и последующего их восстановления, что приводит к повышенному числу мутаций.

На ранних стадиях принципиальных отличий от течения хронического гепатита нет, в запущенных случаях возникает стремительное ухудшение состояния, нарастание асцита, желтухи, неспецифических желудочно-кишечных симптомов, потери веса, анорексии.